กระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบกำหนดเองมักจะมีขั้นตอนต่อไปนี้:
การกำหนดการออกแบบและลำดับ: ลูกค้าจำเป็นต้องจัดเตรียมลำดับเปปไทด์ที่ต้องการ
การสังเคราะห์: เลือกวิธีการสังเคราะห์ที่เหมาะสมตามลำดับ เช่น การสังเคราะห์เฟสของเหลวหรือการสังเคราะห์เฟสของแข็ง
การทำให้บริสุทธิ์: ใช้ HPLC และวิธีการอื่นเพื่อทำให้ผลิตภัณฑ์ที่สังเคราะห์บริสุทธิ์
การตรวจสอบโครงสร้าง: ตรวจสอบโครงสร้างของเปปไทด์ผ่านแมสสเปกโตรเมทรีและวิธีการอื่นๆ
บรรจุภัณฑ์และการส่งมอบ: การบรรจุและส่งมอบผลิตภัณฑ์เปปไทด์ให้กับลูกค้า