การสังเคราะห์เปปไทด์แบบกำหนดเองมีการใช้งานที่หลากหลายในสาขาต่างๆ ได้แก่:
1. การวิจัยทางชีวเคมีและชีววิทยา: เปปไทด์สังเคราะห์สามารถใช้เป็นเครื่องมือสำคัญในการทดลองทางชีวเคมีและชีวภาพเพื่อศึกษาการทำงานของโปรตีน การส่งสัญญาณของเซลล์ และอื่นๆ
2. เภสัชวิทยาและเวชศาสตร์ระดับโมเลกุล: เปปไทด์ที่สั่งทำพิเศษสามารถนำมาใช้เพื่อการพัฒนายา เป็นตัวเลือกยาที่มีศักยภาพ หรือสำหรับการเตรียมแบบจำลองโรค
3. เทคโนโลยีชีวภาพ: ในอุตสาหกรรมเทคโนโลยีชีวภาพ โดยทั่วไปจะใช้เปปไทด์แบบกำหนดเองสำหรับการคัดกรองที่มีปริมาณงานสูง การเตรียมสื่อการเพาะเลี้ยงเซลล์ และการพัฒนารีเอเจนต์สำหรับการวิเคราะห์ทางชีววิทยา