หลังจากเข้าใจสาเหตุของความไม่เสถียรของเปปไทด์แล้ว ได้รับการยืนยันจากประสบการณ์หลายปีในการสังเคราะห์เปปไทด์ว่ามีวิธีแก้ปัญหาต่อไปนี้เพื่อปรับปรุงความเสถียรของเปปไทด์
1) การกลายพันธุ์ที่กำกับโดยไซต์
การแทนที่สารตกค้างที่ทำให้เกิดความไม่เสถียรของเปปไทด์หรือการแนะนำสารตกค้างที่เพิ่มความคงตัวของเปปไทด์ผ่านทางพันธุวิศวกรรมสามารถปรับปรุงความเสถียรของเปปไทด์ได้
2) การดัดแปลงทางเคมี
มีวิธีการดัดแปลงทางเคมีสำหรับเปปไทด์หลายวิธี โดยมีการศึกษาการดัดแปลง PEG มากที่สุด PEG เป็นสารประกอบโพลีเมอร์ที่ละลายน้ำได้ซึ่งสามารถย่อยสลายได้ทางชีวภาพและไม่เป็นพิษในร่างกาย PEG สามารถปรับปรุงความสามารถในการละลายของเปปไทด์หลังการจับกัน ควบคุมความเข้ากันได้ทางชีวภาพ เพิ่มความเสถียรทางความร้อน ต้านทานการย่อยสลายของโปรตีเอส ลดแอนติเจน และยืดอายุครึ่งชีวิต ในร่างกาย การเลือกวิธีการดัดแปลงที่เหมาะสมและการควบคุมระดับของการปรับเปลี่ยนสามารถปรับปรุงสมรรถภาพทางกายหรือปรับปรุงกิจกรรมทางชีวภาพดั้งเดิมได้
3) สารเติมแต่ง
โดยการเติมสารเติมแต่ง เช่น น้ำตาล โพลิออล เจลาติน กรดอะมิโน และเกลือบางชนิด จะทำให้เปปไทด์มีความคงตัวดีขึ้น น้ำตาลและโพลิออลบังคับให้โมเลกุลของน้ำมาล้อมรอบโปรตีนที่ความเข้มข้นต่ำมากขึ้น ซึ่งจะช่วยปรับปรุงความเสถียรของเปปไทด์ ในระหว่างกระบวนการทำแห้งแบบเยือกแข็ง สารที่กล่าวมาข้างต้นยังสามารถแทนที่น้ำและสร้างพันธะไฮโดรเจนด้วยเปปไทด์ เพื่อรักษาโครงสร้างตามธรรมชาติให้คงที่ และยังสามารถเพิ่มอุณหภูมิการเปลี่ยนสถานะคล้ายแก้วของผลิตภัณฑ์ที่ทำแห้งแบบเยือกแข็งได้อีกด้วย นอกจากนี้ สารลดแรงตึงผิว เช่น SDS, Tween, Pluronic สามารถป้องกันการดูดซับที่พื้นผิวเปปไทด์ การรวมตัว และการตกตะกอน
4) การทำให้แห้งแบบแช่แข็ง
ชุดของปฏิกิริยาเคมีที่เกิดขึ้นในเปปไทด์ เช่น ดีอะมิเดชัน การกำจัดเบต้า การไฮโดรไลซิส ฯลฯ จำเป็นต้องมีการมีส่วนร่วมของน้ำ ซึ่งสามารถทำหน้าที่เป็นเฟสเคลื่อนที่สำหรับสารตั้งต้นอื่นๆ ได้เช่นกัน นอกจากนี้ การลดลงของปริมาณน้ำอาจเพิ่มอุณหภูมิการเสื่อมสภาพของเปปไทด์ได้ ดังนั้นการทำแห้งแบบเยือกแข็งจึงสามารถปรับปรุงความคงตัวของเปปไทด์ได้