หน้าที่ของการปกป้องหมู่คือการแยกหมู่ฟังก์ชันเฉพาะในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ ปกป้องพวกมันจากการรบกวน และกำจัดเฉพาะกลุ่มปกป้องหลังจากทำปฏิกิริยาเฉพาะเสร็จสิ้นแล้วเท่านั้น เพื่อฟื้นฟูการทำงานของโมเลกุลเป้าหมาย กระบวนการกำจัดกลุ่มป้องกันมักจะต้องใช้สภาวะที่ไม่รุนแรงเพื่อหลีกเลี่ยงความเสียหายต่อโมเลกุลเป้าหมาย ตัวอย่างเช่น วิธีการกำจัด ROH ออกจากแอลกอฮอล์ที่ได้รับการป้องกันมักจะสร้างอีเทอร์ (ROR ') หรือเอสเทอร์ (ROCOR') จากนั้นจึงไฮโดรไลซ์หรือทำให้เป็นกรดภายใต้สภาวะที่เหมาะสม
โดยสรุป บทบาทของการปกป้องกลุ่มในการสังเคราะห์ PNA มีความสำคัญ เนื่องจากช่วยให้มั่นใจได้ว่าการสังเคราะห์โมเลกุลที่ซับซ้อนมีประสิทธิภาพ หลีกเลี่ยงปฏิกิริยาที่ไม่ใช่เป้าหมาย และสามารถเลือกลบออกได้เมื่อจำเป็นเพื่อให้ได้ผลิตภัณฑ์ PNA บริสุทธิ์