สามารถใช้สารตั้งต้นของเปปไทด์เพื่อศึกษาโปรตีน - ปฏิสัมพันธ์ของโปรตีนได้หรือไม่?
เฮ้ ฉันเป็นซัพพลายเออร์ของสารตั้งต้นเปปไทด์และฉันได้รับคำถามมากมายเมื่อเร็ว ๆ นี้เกี่ยวกับว่าสารตั้งต้นเปปไทด์สามารถใช้ในการศึกษาปฏิสัมพันธ์โปรตีน - โปรตีนได้หรือไม่ ดังนั้นฉันคิดว่าฉันจะเขียนบล็อกนี้เพื่อแบ่งปันความคิดและข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับหัวข้อนี้
ก่อนอื่นเรามาทำความเข้าใจอย่างรวดเร็วว่าการปฏิสัมพันธ์ของโปรตีน - โปรตีนคืออะไร โปรตีนเป็นเหมือนผู้ทำงานของเซลล์ของเรา พวกเขาดำเนินการทุกประเภทตั้งแต่ปฏิกิริยาเคมีที่เร่งปฏิกิริยาไปจนถึงการขนส่งโมเลกุล และฟังก์ชั่นเหล่านี้จำนวนมากขึ้นอยู่กับโปรตีนที่มีปฏิสัมพันธ์ซึ่งกันและกัน ปฏิสัมพันธ์เหล่านี้อาจซับซ้อนมากและการเข้าใจพวกเขาเป็นสิ่งสำคัญสำหรับสิ่งต่าง ๆ เช่นการพัฒนายาและการทำความเข้าใจโรค
ตอนนี้เรามาพูดถึงพื้นผิวเปปไทด์ พื้นผิวเปปไทด์เป็นโซ่สั้นของกรดอะมิโน พวกเขาได้รับการออกแบบมาเพื่อเลียนแบบโปรตีนบางส่วน เรามีความหลากหลายของพวกเขาในสินค้าคงคลังของเราเช่นz - val - phe - phe-z - lly - fmk, และSuc - llvy - AMC-
หนึ่งในวิธีที่สารตั้งต้นเปปไทด์มีประโยชน์อย่างมากในการศึกษาการปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีน - โปรตีนคือการตรวจสอบการแข่งขันที่มีผลผูกพัน โปรตีนมักจะผูกกับไซต์เฉพาะในโปรตีนอื่น ๆ เราสามารถออกแบบพื้นผิวเปปไทด์ที่มีไซต์ที่มีผลผูกพันหรือคล้ายกันกับโปรตีนเป้าหมาย เมื่อเราเพิ่มพื้นผิวเปปไทด์เหล่านี้ลงในตัวอย่างที่มีโปรตีนที่มีปฏิสัมพันธ์กันพวกเขาจะแข่งขันกับโปรตีนสำหรับการจับ ด้วยการวัดจำนวนสารตั้งต้นเปปไทด์ที่ผูกและส่งผลกระทบต่อการทำงานร่วมกันของโปรตีน - โปรตีนเราสามารถเรียนรู้มากมายเกี่ยวกับความสัมพันธ์ที่มีผลผูกพันและความจำเพาะของโปรตีน
ตัวอย่างเช่นหากเรามีโปรตีนคู่หนึ่งที่เป็นที่รู้จักกันในการโต้ตอบและเราเพิ่มสารตั้งต้นเปปไทด์ที่ควรเลียนแบบหนึ่งในไซต์ที่มีผลผูกพัน หากสารตั้งต้นเปปไทด์ผูกพันอย่างยิ่งมันจะแทนที่โปรตีนอื่น ๆ และขัดขวางการมีปฏิสัมพันธ์ จากนั้นเราสามารถใช้เทคนิคเช่นการถ่ายโอนพลังงานเรโซแนนซ์เรโซแนนซ์ (FRET) หรือเรโซแนนซ์พลาสโมน (SPR) เพื่อวัดการเปลี่ยนแปลงในปฏิสัมพันธ์
แอปพลิเคชั่นที่ยอดเยี่ยมอีกประการหนึ่งคือการศึกษาจลนพลศาสตร์ของการปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีน - โปรตีน พื้นผิวเปปไทด์สามารถติดป้ายได้ด้วยแท็กฟลูออเรสเซนต์หรือกัมมันตภาพรังสี เมื่อพวกเขามีปฏิสัมพันธ์กับโปรตีนเราสามารถติดตามอัตราการปฏิสัมพันธ์ที่เกิดขึ้น สิ่งนี้ทำให้เรามีข้อมูลเกี่ยวกับความรวดเร็วของโปรตีนที่ผูกมัดซึ่งกันและกันและระยะเวลาของการโต้ตอบจะใช้เวลานานแค่ไหน
สมมติว่าเราใช้สารตั้งต้นเปปไทด์ที่มีป้ายกำกับด้วยแท็กเรืองแสง เมื่อมันผูกกับโปรตีนคุณสมบัติการเรืองแสงจะเปลี่ยนไป เราสามารถวัดการเปลี่ยนแปลงเหล่านี้ได้ตลอดเวลาโดยใช้เครื่องสเปกโตรมิเตอร์เรืองแสง สิ่งนี้ช่วยให้เราสามารถคำนวณพารามิเตอร์จลน์ที่สำคัญเช่นค่าคงที่อัตราการเชื่อมโยง (K_ON) และค่าคงที่อัตราการแยกตัว (K_OFF)
พื้นผิวเปปไทด์ยังสามารถใช้ในการแมปอินเทอร์เฟซที่มีผลผูกพันระหว่างโปรตีน เราสามารถสร้างไลบรารีของพื้นผิวเปปไทด์ที่แตกต่างกันซึ่งครอบคลุมภูมิภาคต่าง ๆ ของโปรตีน โดยการทดสอบว่าเปปไทด์ใดที่โต้ตอบกับโปรตีนอื่น ๆ เราสามารถหาได้อย่างชัดเจนว่าส่วนใดของโปรตีนที่เกี่ยวข้องในการมีปฏิสัมพันธ์ สิ่งนี้มีค่ามากสำหรับการออกแบบยาเพราะช่วยให้เรากำหนดเป้าหมายพื้นที่เฉพาะของอินเตอร์เฟสโปรตีน - โปรตีน
อย่างไรก็ตามยังมีข้อ จำกัด บางประการในการใช้พื้นผิวเปปไทด์เพื่อศึกษาปฏิสัมพันธ์ของโปรตีน - โปรตีน หนึ่งในประเด็นหลักคือพื้นผิวเปปไทด์เป็นเพียงชิ้นส่วนสั้น ๆ ของโปรตีน พวกเขาอาจไม่ได้เป็นตัวแทนโครงสร้างสามมิติที่ซับซ้อนและความยืดหยุ่นของโปรตีนทั้งหมด ดังนั้นการโต้ตอบที่พวกเขาแสดงอาจไม่เหมือนกับการโต้ตอบระหว่างโปรตีนความยาวเต็ม -
นอกจากนี้การผูกมัดของพื้นผิวเปปไทด์อาจได้รับผลกระทบจากปัจจัยเช่นความเข้มข้นของสารตั้งต้นและการปรากฏตัวของโมเลกุลอื่น ๆ ในตัวอย่าง เราต้องระมัดระวังอย่างมากเมื่อออกแบบการทดลองและตีความผลลัพธ์เพื่อให้แน่ใจว่าเราได้รับข้อมูลที่ถูกต้อง
โดยสรุปสารตั้งต้นของเปปไทด์เป็นเครื่องมือที่ทรงพลังสำหรับการศึกษาปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีน - โปรตีน พวกเขามีข้อได้เปรียบมากมายในแง่ของความเรียบง่ายความยืดหยุ่นและความสามารถในการควบคุมเงื่อนไขการทดลอง แต่เราต้องตระหนักถึงข้อ จำกัด ของพวกเขาด้วย
หากคุณสนใจที่จะใช้สารตั้งต้นเปปไทด์สำหรับการวิจัยของคุณเกี่ยวกับการปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีน - โปรตีนฉันชอบที่จะพูดคุยกับคุณ เรามีพื้นผิวเปปไทด์ที่มีคุณภาพสูงให้เลือกมากมายและทีมงานของเราสามารถช่วยคุณเลือกสิ่งที่เหมาะสมสำหรับความต้องการเฉพาะของคุณ ไม่ว่าคุณจะกำลังทำงานในการทดลองขนาดเล็กหรือโครงการขนาดใหญ่เราอยู่ที่นี่เพื่อสนับสนุนคุณ เพียงแค่เอื้อมมือออกไปหาเราและเราสามารถเริ่มการสนทนาเกี่ยวกับวิธีที่เราสามารถทำงานร่วมกันได้
การอ้างอิง
[1] เอกสารการวิจัยที่เกี่ยวข้องบางอย่างเกี่ยวกับโปรตีน - การศึกษาปฏิสัมพันธ์โปรตีนโดยใช้พื้นผิวเปปไทด์ (สามารถเติมได้ด้วยการอ้างอิงจริงหากมีอยู่)
[2] บทวิจารณ์เกี่ยวกับการประยุกต์ใช้พื้นผิวเปปไทด์ในการวิจัยทางชีวเคมี
[3] ตำราเรียนวิชาชีวเคมีโปรตีนและชีววิทยาโมเลกุล